森林の伐採は、多くの鳥、サル、コウモリ、ヤマネコのように保護が望まれている多くの動物種に影響を与えます。注意深い伐採により、動物たちに与える影響を小さくすることができるはずです。Erik Meijaad達は、ボルネオ島そして東南アジアの熱帯林において、伐採が野生動物に与える影響、そして野生生物を保全につながる伐採について、取りまとめました。
伐採は、森林を変えます。林道は、森林を小さなパッチに分断します。動物によっては、細い道ですら渡ることができないものがいます。伐採により、個体数が多くなる動物もいるのですが、逆に少なくなる動物もいます。また動物達が利用できる食料も変化するのです。動物の巣があった樹木がきりたおされることがあります。太陽の光が直接地面に届くようになり、土や下草が乾燥し熱くなります。伐採後に残された枝葉が溜まり、乾燥した森では、火災が起きやすくなります。地面表層の栄養のある土は洗い流され、川に流れ込み、環境を変えていきます。そして、猟師達が森林に入り込みます。
動物に影響しない伐採などないのですが、森林を細かく分断しないこと、伐採後の狩猟を制限することで、全部とは言わないまでも多くの動物の生存が容易になります。特別な種類の餌しか食べない動物は、伐採の影響をより強く受けます。昆虫もしくは果実しか食べない動物は、雑食性の動物にくらべ、伐採後に食料難に陥りやすいのです。また、地上か樹上のどちらかでしか生活していない動物は、両方を行き来できる動物よりも、伐採による影響を強くうけます。広い範囲を移動してくらす肉食獣も伐採による影響を強く受けるものの一つです。清流を好むサカナやカエルは、土砂が流れ込んだ川では生活できません。同じように、多くの動物が伐採による影響を受けます。
動物達を守るためMeijaard達は、伐採業者に次のような提言をしています。森林の分断をできるだけ小さくするように林道を計画的に配置する。猟師を森に入れない。伐採後の下刈りをやめツル植物や下草を残す。土壌を荒らさないようにする。川岸や池、集落跡、塩泉（動物たちが塩をなめにくる）などの近くは伐採をおこなわずに残す。また、（動物の住処であり商業的価値がない）うろのある木、果実をつける種類の木（とくにイチジク科の樹木）は伐採せず、古い切り株にも手をつけない。これらにより、すべての動物が守られる訳ではありません、しかし、動物たちに与える影響を小さくすることができるはずです。
インドネシアには、天然林が残っており、林産物の輸出は重要な産業です。しかしながら、同国の森林は急速に減少し続けています。1990年代後半、政府が木材輸出関税を引き下げたことにより、森林伐採が加速されたと考えられます。